season 3 01 Fire AndWater マントリッドとの戦いに勝利し、ダーク・ゾーンを旅してきたゼヴたち。たが、どうしても食料を補給できる惑星を見つけられず、管理を790に任せ、3人は冷凍催眠状態で漂流する決断をする。LEXXもまた眠る。だが、プリンスという侵入者によって目を覚まさせられた時、すでに4千年の時が経過していたことを知る。そして目の前にファイアーとウォーターという連星を見つける。 02 May ゼヴとスタンを探して、カイはLEXXから惑星ウォーターにダイブする。カイはそこで出会った女性メイとともに、惑星ファイアーに移動する。メイはボウガンを使って、プリンスを殺してしまうのだが、彼女もまた傷がもとで死んでしまう。ひとり嘆くスタンの前に死んだはずのプリンスが現れて、「ウォーターを爆破すればメイを生き返らせて与える」とささやく。 03 Gametown LEXXが空腹を訴えたので、カイは小型飛行艇モスを引き連れて食料を探しに惑星ウォーターへ出かける。海上に浮かぶ建物に下り立つと、そこは一日中ボールゲームに興じている人々が住むゲームタウンという町だった。人々は親切にも食料を譲ってくれたが、しかしカイはフィフィという小ずるい男に食料を積み込んだモスを盗まれてしまう。 04 Boomtown 惑星ファイアーに逃れ、デュークという人物の部下になったフィフィが、デュークとともに盗んだモスを引き連れてゲームタウンを攻撃してくる。カイはバニーという娘を救い出すが、LEXX内で「惑星ウォーターには一日中享楽にふけっているブームタウンという町がある」と聞かされたスタンとゼヴは一行を引き連れ、喜び勇んで出かけてしまう。 05 Gondola ブームタウンでのカイたちとの戦闘の結果、デュークとフィフィは惑星ファイアーの砂漠に墜落してしまう。デュークは砂漠で焼け死ぬ覚悟をして、この連星の輪廻転生システムを説明するが、フィフィには何のことなのか理解できない。そこへゴンドラに乗ったカイたち一行が行き会い、彼らを助け上げる。 06 K-Town スタンはK-タウンで、ティシャという女と出会う。しかし彼女は、人にレンガを投げつけて楽しむ精神の壊れた一団のひとりだった。カイはかつてLEXXからダイブした際に受けた衝撃で身体構造にずれが生じており、機能障害を起こして動けなくなってしまう。その時、一行は、マントリッドにそっくりな人物に助けられるが、彼には昔の記憶はなかった。 07 Tunnels K-タウンの中をさまようゼヴとスタンだったが、ついには互いに離れ離れになってしまう。スタンは外科手術を趣味にした狂った男に捕まってしまい、一方ゼヴは3人組の女たちに捕らえられて、とがったギザギザの歯の付いた巨大なワナの中へ、放り投げられそうになる。が、危機一髪のところでプリンスが現れて、二人を救い出してくれる。 08 The Key 無事LEXXに帰還した一行。たが、カイはゼヴの態度に疑いを持つ。密かにゼヴはスタンを誘惑し、LEXXのキーを奪ってしまう。カイはゼブにキスをするように仕向け、本物のゼブのやり方ではないと気づくと、彼女を即座に殺してしまう。プリンスの化身だった。カイとスタンは、ゼブがまだK-タウンから帰還していなかったことを知る。 09 Garden カイとスタンは無事ゼヴを発見し、LEXXに帰還する。だが一行は、食料を得るために、モスに乗って惑星ウォーターに出かける。下りた先は、3人の娘によって管理されていた巨大な庭園だった。そこでスタンはライカを再生させる方法を知り、ひさびさに会う彼女と旧交を温めるのだった。 10 Battle プリンスは部下を引き連れて巨大庭園を急襲する。そしてゴンドラを使った空中戦が起きるが、その非情さゆえにプリンスは部下に殺されてしまう。ゴンドラをはずされたバルーンに取り残されたゼヴが惑星ファイアーに不時着すると、再びプリンスが現れる。彼はゼヴが砂漠で死ぬと思っていたが、ゼブが砂漠に強いクラスタートカゲの遺伝子を持っていることは知らなかった。 11 Girltown ゼヴを探してスタンとカイはガールタウンを訪れる。そこは女だけの町だった。女たちはプリンスとデュークの問題で議論し合っている。だが彼女たちはゲイたちを奴隷として持ち、彼らに惑星ウォーター攻撃用のバルーン作りをさせていたのだった。スタンはその女王がジゴロッタそっくりなのに驚く。だがたえず湯船につかっている女王には、首から下に生身の体がなかった。 12 The Beach ガールタウンからの脱出時にLEXXのせいでカイとスタンは惑星ウォーターに転落してしまう。スタンは溺れ死ぬが、意識は別次元にある海岸で目覚める。するとプリンスが現れて「審判の時が来た」と告げ、スタンに生前の行状を振り返らせる。カイは海中で無数の人影がうごめいているのを目撃するが、海の最下層に達すると光のトンネルをくぐって、あのゲームタウンのベッドの上にいる自分を発見する。 13 Heaven & Hell カイはスタンを救おうと異次元空間に侵入し、プリンスと交渉する。仲間を二人とも失ったと思い込んだゼヴは惑星ファイアーをLEXXに爆破させるが、LEXXは惑星ウォーターをも爆破してしまう。プリンスがLEXXを操ったためだった。カイは宇宙空間で発見され、スタンもまた命を吹き返す。そして太陽の向こう、つまり爆破された連星の軌道の真反対側に今まで見えなかった青い惑星を発見する。地球だった。